Credit to Mèo Âu

Dưới đây là các sơ đồ cơ cấu cán bộ Shinsengumi trong 6 năm từ khi thành lập tới lúc giải thể.

Tháng 6 năm Văn Cửu 3 (1863)

Hồi sơ khai trước Shinsengumi, nhóm mang tên "Mibu roshigumi : Nhóm lãng sỹ Mibu".

Nhóm lãng sỹ Mibu, gọi "đội" là "Cục", và người đứng đầu được gọi là "Cục trưởng". Vì tranh chấp nội bộ 2 thế lực phe Serizawa và phe Kondo, mà có 2 cục trưởng, nhưng 2 người không đồng hạng với nhau, mà Serizawa có phần đứng đầu hơn (trong tư liệu ghi Serizawa là 巨魁隊長). Tại thời điểm tháng 4, Niimi Nishiki cũng làm cục trưởng nên trên thực tế lúc đầu đã có tận 3 cục trưởng (nhưng sau đó không lâu bị giáng xuống làm phó cục trưởng).

Sau Cục trưởng là phó cục trưởng, và dưới đó có "Phó trưởng trợ cần".

Phó trưởng trợ cần gồm 13 người, bao gồm đội sỹ phe Serizawa, phe Kondo, và đội sỹ mới như Ogata Shuntaro, họ có vai trò chỉ huy 30 đội sỹ thường.

Cục trưởng	芹沢鴨 : Serizawa Kamo 近藤勇 : Kondo Isami
Phó cục trưởng	新見錦 : Niimi Nishiki 山南敬介 : Yamanami Keisuke 土方歳三 : Hijikata Toshizo
Phó cục trưởng trợ cần	沖田総司 : Okita Souji 永倉新八 : Nagakura Shimpachi 斉藤一 : Saito Hajime 原田左之助 : Harada Sanosuke 藤堂平助 : Todo Heisuke 平山五郎 : Hirayama Goro 野口健司 : Noguchi Kenji 平間重助 : Hirama Jūsuke 井上源三郎 : Inoue Genzaburo 佐伯又三郎 : Saeki Matasaburo 尾形俊太郎 : Ogata Shuntaro 松原忠司 : Matsubara Chuji 安藤早太郎 : Ando Hayataro
Trinh sát	島田魁 : Shimada Kai 川島勝司 : Kawashima Katsuji 林信太郎 : Hayashi Shintaro
Kế toán	河合耆三郎 : Kawai Kisaburo

*Chú thích:

• Màu xanh: phe Serizawa
  
• Màu đỏ: phe Kondo

Tháng 6 năm Nguyên Trị nguyên niên (1864)


Ngày 18/9 phe Serizawa bị thanh trừ, đến ngày 25 thì nhóm được chính thức ban tên "Shinsengumi", Kondo Isami trở cục trưởng duy nhất.

Trong cơ cấu mới này, Hijikata làm phó cục trưởng, Yamanami đóng vai trò mới là "tham mưu". Tổng trưởng Yamanami đóng vai trò phụ tá của cục trưởng - phó cục trưởng, người thực tế nắm điều khiển đội là Hijikata.

Phó trưởng trợ cần có thêm tên Takeda Kanryusai và Tani Saburo, nhóm trinh sát có thêm Yamazaki Susumu.

Cục trưởng	近藤勇 : Kondo Isami
Tổng trưởng	山南敬介 : Yamanami Keisuke
Phó cục trưởng	土方歳三 : Hijikata Toshizo
Phó cục trưởng trợ cần	沖田総司 : Okita Souji 永倉新八 : Nagakura Shimpachi 斉藤一 : Saito Hajime 原田左之助 : Harada Sanosuke 藤堂平助 : Todo Heisuke 井上源三郎 : Inoue Genzaburo 尾形俊太郎 : Ogata Shuntaro 松原忠司 : Matsubara Chuji 安藤早太郎 : Ando Hayataro 武田観柳斎 : Takeda Kanryusai 谷三十郎 : Tani Sanjyuro 浅野薫 : Asano Kaoru
Trinh sát	山崎烝 : Yamazaki Susumu 島田魁 : Shimada Kai 川島勝司 : Kawashima Katsuji 林信太郎 : Hayashi Shintaro
Kế toán	河合耆三郎 : Kawai Kisaburo 尾関弥四郎 : Ozeki Yashiro 酒井兵庫 : Sakai Hyogo

Trước sự kiện Ikedaya ngày 5/6/1864, có nhiều người bỏ trốn, ngày hôm đó số đội sỹ giảm chỉ còn 42 người. Hơn nữa, tối hôm đó phó trưởng trợ cần Ando Hayataro đã thiệt mạng.

Nhưng sau thành công của sự kiện Ikedaya, phiên Aizu trả phí nhân công cao, số lượng đội sỹ từ đó cũng tăng. Đến tháng 10 chiêu mộ đội sỹ ở Edo, thì có thêm phe của Ito Kashiro gia nhập.

Tháng 12 năm Nguyên Trị nguyên niên (1864)

Thành viên Shinsengumi tăng lên hơn 70 người, đến tháng 12 chuẩn bị cho chinh phạt phiên Choshu (長州征伐). Dưới đây là cơ cấu hành quân lúc đó. Phó trưởng trợ cần (tổ đầu) trở thành trưởng 1 tiểu đội tầm 5 người. Ngoài ra, nhóm kế toán khi ra trận đóng vai trò làm "小荷駄雑具方" (Truy trọng binh: nhóm hậu cần), với Harada Sanosuke làm trưởng nhóm.
Trong danh sách không có tên của Yamanami, Nagakura, Todo là do người bị bệnh, bị cấm túc, đi công tác... nên không nằm trong danh sách hành quân.

Cục trưởng	近藤勇 : Kondo Isami
Phó cục trưởng	土方歳三 : Hijikata Toshizo
Tổ đầu	Tổ 1 沖田総司 : Okita Souji Tổ 2 伊東甲子太郎 : Ito Kashitaro Tổ 3 井上源三郎 : Inoue Genzaburo Tổ 4 斉藤一 : Saito Hajime Tổ 5 尾形俊太郎 : Ogata Shuntaro Tổ 6 武田観柳斎 : Takeda Kanryusai Tổ 7 松原忠司 : Matsubara Chuji Tổ 8 谷三十郎 : Tani Sanjyuro
Hậu cần	原田左之助 : Harada Sanosuke 山崎烝 : Yamazaki Susumu 河合耆三郎 : Kawai Kisaburo 尾関弥四郎 : Ozeki Yashiro 酒井兵庫 : Sakai Hyogo, v.v...

Tháng 6 năm Khánh Ứng nguyên niên (1865)

Yamanami, vào 23/2/1865 (Khánh Ứng nguyên niên), vì đào ngũ mà đã seppuku (mổ bụng). Shinsengumi chiêu mộ thêm đội sỹ quy mô lớn, đến tháng 5 nhận thêm hơn 50 người từ Edo. Việc chiêu mộ được tiến hành ở cả Kyoto, tổng số đội sỹ lến tới 134 người.

Đây là thời kỳ Shinsengumi sung mãn nhất về thế lực và cơ cấu.

Cơ cấu cán bộ mới được sửa đổi vào tháng 6, trong đó Ito Kashitaro trở thành "Tham mưu". Vị trí "tham mưu" này đúng như ý nghĩa của nó, tức là giống với chức "tổng trưởng" của Yamanami, không có quyền hạn ra lệnh trực tiếp với thuộc hạ.

Cục trưởng	近藤勇 : Kondo Isami
Tham mưu	伊東甲子太郎 : Ito Kashitaro
Phó cục trưởng	土方歳三 : Hijikata Toshizo
Phó cục trưởng trợ cần	Tổ 1 沖田総司 : Okita Souji Tổ 2 永倉新八 : Nagakura Shimpachi Tổ 3 斉藤一 : Saito Hajime Tổ 4 松原忠司 : Matsubara Chuji Tổ 5 武田観柳斎 : Takeda Kanryusai Tổ 6 井上源三郎 : Inoue Genzaburo Tổ 7 谷三十郎 : Tani Sanjyuro Tổ 8 藤堂平助 : Todo Heisuke Tổ 9 鈴木三樹三郎 : Suzuki Mikisaburo Tổ10 原田左之助 : Harada Sanosuke
Trinh sát	山崎烝 : Yamazaki Susumu 篠原泰之進 : Shinohara Tainoshin 新井忠雄 : Arai Tadao 服部武雄 : Hattori Takeo 芦屋昇 : Ashiya Noboru 吉村貫一郎 : Yoshimura Kanichiro 尾形俊太郎 : Ogata Shuntaro
Kế toán	河合耆三郎 : Kawai Kisaburo 尾関弥四郎 : Ozeki Yashiro 酒井兵庫 : Sakai Hyogo 岸島芳太郎 : Kishijima Yoshitaro

Cơ cấu quân hình chinh phạt phiên Choshu (長州征伐) vào tháng 9/1865. Lúc này Suzuki Mikisaburo xuống nhóm trinh sát, Matsubara Chuji xuống làm thường sỹ, nên phó trưởng trợ cần còn lại 8 người. Lúc xuất trận, các tổ trưởng đảm nhiệm làm tổ đầu của các đội như "tiểu súng đội", "đại súng đội", "thương đội", "hậu cần", chỉ có Takeda Kanryusai là văn sỹ am hiểu binh pháp, đảm chức "軍奉行" (Quân phụng hành: chỉ huy) cùng với Ito Kashitaro.

Tháng 6/1867 (Khánh Ứng 3), Shinsengumi trở thành gia thần của Mạc Phủ, không còn phải dựa vào phiên Aizu nữa. Lúc này, vào tháng 3 cùng năm, 13 người phe Ito Kashitaro rời Shinsengumi và thành lập nhóm "御陵衛士 : Goryoeji" (Ngự lăng vệ sỹ), nên mất 2 phó trưởng trợ cần là Todo Heisuke cùng Saito Hajime (Saito tham gia Goryoeji để làm gián điệp). Ngoài ra, Takeda Kanryusai đã bị thanh trừ do phản bội Shinsengumi. Do cơ cấu cán bộ trở nên ít đi như vậy, Yamazaki Susumu từ trinh sát thăng cấp lên trợ cần, và Ogata Shuntaro cũng được phục chức.

Trong trận Toba-Fushimi vào tết năm Khánh Ứng 4 (1868), có 21 đội sỹ đã tử trận. Trong đó, có 2 trợ cần hy sinh là Inoue Genzaburo và Yamazaki Susumu. Hơn nữa, sau trận đánh Katsunuma, Nagakura Shimpachi và Harada Sanosuke rời Shinsengumi, thêm vào đó, Okita Souji đang mang bệnh nặng cũng buộc phải rời chiến tuyến, nhóm trợ cần vốn là nòng cốt của Shinsengumi khó có thể tiếp tục.

Rồi tới tháng 4 cùng năm, cục trưởng Kondo đầu hàng chính phủ mới ở Nagareyama, đến 25/4 thì bị xử chém. Okita Souji qua đời ngày 30/5 vì bệnh lao.

Shinsengumi rơi vào tình trạng nguy kịch. Hijikata Toshizo rời Aizu dẫn theo vài hộ vệ hợp quân với quân đội Cựu Mạc phủ của Ôtori Keisuke, chia tay với Yamaguchi Jiro (tên cũ là Saito Hajime) và các đội sỹ khác muốn ở lại Aizu chiến đấu.

Ở Aizu, phó trưởng trợ cần duy nhất còn lại Yamaguchi Jiro (Saito Hajime) trở thành đội trưởng Shinsengumi, chỉ huy 130 người bao gồm cả đội sỹ mới. Sơ đồ tổ chức lúc bấy giờ như dưới đây, được bố trí theo hình thức Tây phương.

隊長 Đội trưởng	山口二郎 : Yamaguchi Jiro (Saito Hajime)
助役 Trợ dịch	安富才輔 : Yasutomi Saisuke
軍目 Quân mục	島田魁 : Shimada Kai 久米部正親 : Kumebe Masachika
歩兵頭取 Bộ binh đầu thủ	近藤隼雄 : Kondo Hayao
差図役 Sai đồ	伊東鉄五郎 : Ito Tetsugoro 尾関泉 : Ozeki Izumi 吉村新太郎 : Yoshimura Shintaro
大砲差図役 Đại pháo sai đồ	志村武蔵 : Shimura Takezo
大砲役 Đại pháo	村上三郎 : Murakami Saburo

Nhưng sau đó, sau khi thua trong trận cửa Shirakawa và trận đèo Bonari, hầu hết các đội sỹ đã đầu hàng chính phủ mới ở Sendai.

Yamaguchi Jiro sau đó cũng rời Shinsengumi và ở lại Aizu.

Tháng 9, phiên sỹ của các phiên Kuwana - Karatsu - Bicchu Matsuyama gia nhập vào Shinsengumi - đang trong nguy cơ tan rã - về hình thức Shinsengumi đã phục hồi thành 1 nhóm hơn 120 người, với sơ đồ tổ chức như dưới đây.

Chức 改役 (cải dịch) mang ý nghĩa đội trưởng, được phiên sỹ Kuwana là Mori Tsunekichi đảm nhiệm, đội sỹ cũ của Shinsengumi là Shimada Kai, Ozeki Izumi... cũng nằm trong ghế cán bộ, nhưng phần lớn là do các phiên sỹ 3 phiên nắm giữ, nên Shinsengumi hầu như trở thành 1 nhóm hỗn độn chỉ có cái danh.

Sau đó, ngày 11 tháng 5 năm Minh Trị 2 (1869), Hijikata Toshizo tử trận. Rồi đến ngày 15 Benten Daiba bị bao vây, Shisengumi cũng đầu hàng chính phủ mới.

Lịch sử 6 năm Shinsengumi chấm dứt tại đây.